eDonkey es el programa original, del que derivan Overnet, eMule y todos sus Mods. Fue toda una revolución cuando salió, pero cayó debido a que no era de código abierto y la gente no podía modificarlo; además sus velocidades dejaban bastante que desear. Sin embargo, su última versión esta funcionando muy bien, sobretodo con conexiones de banda ancha y ordenadores nuevos.

Todos los clientes derivados de eDonkey son compatibles entre ellos. La diferencia es que en eDonkey los archivos y las fuentes se encuentran a través de servidores. El problema es que le aumento de usuarios hace un efecto cuello de botella, que impide que encuentres todos los archivos o todas las fuentes que necesitas.

En cambio, Overnet busca y publica fuentes en un sistema totalmente descentralizado, de usuario a usuario, creando una macro-red. La última versión de eDonkey funciona como un híbrido entre él y Overnet; puede publicar y buscar fuentes en servidores o de forma descentralizada, algo que también se ha implantado en eMule con el nombre de red Kademlia.

Actualización: El proyecto eDonkey ha sido finalmente clausurado debido a las denuncias de las empresas americanas contrarias al p2p.